آزمایشگاه آسیب شناسی مجهز به حدود 30 دستگاه میکروسکوپ جهت بررسی لام های مختلف و همین طور کلکسیون کاملی از لام های آسیب شناسی می باشد.
لازم به ذکر است نمونه های پاتولوژی مرتبط با مطالب درسی دانشجویان نیز به شکل موزه در این آزمایشگاه وجود دارد.
در بخش های مختلف بالینی، پاتولوژی و آزمایشگاه نقشی اساسی در تشخیص و پیگیری علل بیماری ها بر عهده دارند. بخش های آزمایشگاهی مراکز آموزشی و درمانی شهید رجایی، ولایت،کوثر، قدس و بوعلی سینا نیز با در اختیار داشتن تجهیزات آزمایشگاهی در بخش های هماتولوژی، بیوشیمی، هورمون شناسی، سرولوژی، میکروب شناسی و ادرار و انگل شناسی در خدمت آموزش دانشجویان پزشکی در واحد درسی پاتولوژی بالینی و نیز بخش پاتولوژی بیمارستان ها در خدمت آموزش دانشجویان رشته علوم آزمایشگاهی در واحد درسی هیستوتکنیک می باشد.
آزمایشگاه مرجع استان نیز با امکانات انجام ایمونوفلئورسانت و PCR ، ... در ارتباط با بخش پاتولوژی می باشد.